Potensi Kehati

a. Flora

Salah satu alasan utama kawasan ini ditunjuk sebagai Taman Nasional adalah kerena keanekaragaman hayati (kehati) yang sangat tinggi, baik kehati tingkat genetik, spesies maupun ekosistem. Taman Nasional Kutai merupakan kawasan hutan hujan Dipterocarpaceae dataran rendah yang memiliki beragam potensi flora dengan jumlah mencapai 958 jenis. Diantara jenis-jenis tersebut, 8 dari 10 genus dalam famili Dipterocarpaceae di dunia ada di Taman Nasional Kutai yaitu: Anisoptera sp., Cotylelobium sp., Dipterocarpus sp., Dryobalanops sp., Hopea sp., Parashorea sp., Shorea sp. dan Vatica sp.
Tumbuhan gaharu (Aquilaria beccariana dan A. malaccensis), kantong semar (Nepenthes mirabilis), dan anggrek (Acriopsis indica, Bulbophyllum sp., Dendrobium anosmum, Eulophia nuda, Gramatophyllum speciosum, Luisia sp. Phalaenopsis cornucervi, Phalaenopsis gigantea, Robiquetia sp., Spathoglottis sp,. Sarcanthus subulatus, Thecostele alata) yang berada didalamnya merupakan flora yang termasuk dalam daftar CITES dan keberadaannya semakin langka (Appendix II) (2005). Dari hasil inventarisasi, ada 220 jenis tumbuhan tumbuhan berkhasiat obat. Salah satu tumbuhan berkhasiat obat yang merupakan tumbuhan endemik Kalimantan adalah pasak bumi (Eurycoma longifolia). Jenis-jenis tumbuhan mangrove dan jamur yang masih banyak belum teridentifikasi juga ada di Taman Nasional Kutai.

b. Fauna

Selain kekayaan flora, Taman Nasional Kutai juga memiliki beragam jenis fauna. Taman Nasional Kutai memiliki 80% dari seluruh jenis burung di Borneo yaitu sebanyak 330 jenis.
Kawasan ini juga mengandung lebih dari separuh jenis mamalia Borneo yaitu sebanyak 80 jenis dan di antaranya adalah 11 dari 13 jenis primata Borneo termasuk orangutan (Pongo pygmaeus), Satu-satunya kera besar di Asia yang sedang terancam keberadaannya. Empat jenis reptilia langka menurut CITES juga dapat ditemui di kawasan ini, yaitu Crocodylus porosus (buaya muara-Appendix I), Tomistoma schlegellii (Buaya senyulong-Appendix I) Varanus salvator (BiawakAppendix II), Python reticulatus (Ular-Appendix II). Potensi serangga dan hewan lunak yang belum tergali menjadi bagian dari keanekaragaman hayati Taman Nasional Kutai.

Primata dan Mamalia; Taman Nasional Kutai dikenal memiliki keanekaragaman jenis satwa penting, terutama mamalia. Walaupun beberapa sudah punah, seperti badak, namun lebih dari separuh mamalia Kalimantan tercatat ada di sini. Mamalia yang menjadi daya tarik di Taman Nasional Kutai adalah Pongo pygmaeus morio. Di Taman Nasional Kutai terdapat 11 dari 13 spesies primata Kalimantan, diantaranya 5 jenis yang endemik Kalimantan. Selain orangutan, terdapat Bekantan (Nasalis larvatus) yang dapat dijumpai pada hutan bakau dan hutan di sepanjang sungai, serta Owa-owa (Hylobates muelleri). Satwa lain yang dapat dijumpai di Taman Nasional Kutai adalah banteng (Bos javanicus), rusa sambar (Cervus unicolor), kijang (Muntiacus muntjak dan Muntiacus atherodes), dan kancil (Tragulus napu dan Tragulus javanicus), beruang madu (Helarctos malayanus), macan dahan (Neofelis nebulosa) dan kucing berbercak (Felis bengalensis). Satwa-satwa ini masih dapat dijumpai, baik secara langsung maupun melalui jejak-jejaknya di berbagai bagian Taman Nasional Kutai.

Burung; Taman Nasional Kutai diketahui didiami oleh 330 species burung yang merupakan lebih dari separuh dari seluruh jumlah burung di Kalimantan. Sebelum kebakaran hutan tahun 1983, kawasan ini memiliki 80% jenis burung hutan Kalimantan, Petocz dkk pada 1990 mencatat masih ada sekitar 224 jenis burung di dalam Taman Nasional Kutai dan diantaranya termasuk jenis endemik, seperti Pitta baudi, Ptilocichla leucogrammica, Naphotera atrigularis, Prionochilus xanthopygius, dan Pityriasis gymnocephala. Diantara burung di Taman Nasional Kutai, terdapat 9 jenis berstatus rentan (Vulnerable) dan 17 jenis berstatus terancam punah (endangered), seperti Egretta sacra, Accipiter soloensis, Sturnus sinensis, Lanius schach, Pericrocotus ignaeus, Pericrocotus divaricatus . Sementara itu Holmes, D. et.al (2001) menambahkan bahwa Taman Nasional Kutai termasuk daerah yang penting bagi burung Kalimantan, meskipun telah mengalami kebakaran dua kali. Taman Nasional Kutai masih memiliki nilai penting bagi cangak laut (Ardea sumatrana) dan bangau tong-tong (Loptoptilos javanicus), dan spesies burung penting lainnya seperti kuntul cina (Eggreta eulophotes), punai besar (Treron capellei), paok kepala biru (Pitta baudii), cucak rawa ( Pynonotus zeylanicus) serta burung-burung lahan basah yang bermigrasi.

Reptilia; Buaya muara, buaya senyulong, biawak, ular kobra, ular pyton, kadal terbang masih dapat dijumpai di Taman Nasional Kutai, walau kadangkadang berkonflik dengan manusia karena habitatnya yang rusak. Buaya muara (Crocodylus porosus) yang hidup di muara-muara sungai seperti Muara Sungai Sangkima, Teluk Pandan dan Kandolo, dilaporkan berkonflik dengan manusia karena habitatnya yang terganggu oleh pembukaan lahan untuk tambak.